Gleiche Busliniennummern in Reutlingen und Tübingen

[Alt-Schmöckwitz]

[...] In Stuttgart gibt es keinen Mischbetrieb (mehr), also auch kein "U" erforderlich! [...]

Ein wesentliches Argument für die Einführung des "U" war die mögliche Verwechslung, v.a. bei auswärtigen Nutzern, mit den S-Bahn-Linien. 
Daran hat sich ja nichts geändert. 

Eine Alternative wäre evtl. gewesen, man hätte einen Nummernkreis ausschließlich  für die  S-Bahn reserviert (z.B. 30 bis 39).

Bei den Bussen war die Kennzeichnung mit Buchstaben eine gute Idee, so bis 1978 zuletzt für die sog. Außenlinien.
Meistens konnte man dabei einfach den  Zielort  zuordnen (z.B. "L" für Leonberg, "S" für Sindelfingen, "Di" für Ditzingen etc.)
Das gab  es z.B. auch bei den LVL (LB).

Wo besteht bitte eine Verwechslungsgefahr zwischen der S1 und der Linie 1 der Stadtbahn?
Bei der S-Bahn ist ein S vornedran, bei der Stadtbahn eben nichts.
In Köln ist es nicht anders.
S13 gibt es, und die Linie 13 der Stadtbahn (Sülzgürtel - Holweide).